有些企业虽然拥有大量的用户资料，却不知道如何正确的利用其展开营销，用户资料的作用得不到充分的发挥。有些企业每天将大量的商业信息强行发送给用户，在很长时间内似乎完全没有考虑到用户的存在，这样的E-mail营销当然不可能有好的效果。企业花很大代价获取用户资料，但由于缺乏专业网络营销人员以及相应的用户数据分析处理技术，用户资料很难转化成收益。
2、电子邮件退信率不断上升
用户电子邮件地址数量是开展E-mail营销的基础，信息的有效传达是广告效果得以保证的根本。但由于种种原因，造成邮件列表的退信率不断提高，这在很大程度上降低了E-mail营销的效果，制约了E-mail营销的发展。造成邮件列表退信率上升的原因，如：用户废弃原来的邮箱、免费邮箱终止服务、邮件服务商对邮件列表的屏蔽等原因。有关部门的统计数字表明，许多服务商遭遇的邮件退信率已经接近甚至超过60％。
3、垃圾邮件的影响
E-mail营销是网络营销中最早受到重视的营销工具之一，但是如果应用的不好，就会被用户当成垃圾邮件。垃圾邮件的泛滥对E-mail营销产生严重的影响：一方面，垃圾邮件使得有价值的信息被大量无用信息淹没，甚至会造成有价值信息的丢失；另一方面，垃圾邮件影响了E-mail用户对于E-mail营销的看法，败坏了E-mail营销的声誉。
4、E-mail营销效果评估困难
E-mail营销效果评估对于企业非常重要，尽管从理论上讲可以对电子邮件的送达率、阅读率、转发率等给予详细跟踪记录，但实际上是做不到的，因为这种测量的基本原理是在HTML代码中加入一段跟踪代码，但这些代码往往被屏蔽，而对于纯文本格式的电子邮件，根本无法进行跟踪，因此实际上很难知道究竟有多少邮件被送达和阅读，这也就很难准确地说明E-mail营销的效果到底如何。